无菌加工的饮料包装技术主要应用于可连续输送的流体食品，无菌过程是非常复杂的连续式生产过程，在这过程中任何一项失误或产品的微生物再污染，都会影响整个无菌系统的失败，同时影响整批产品的卫生安全。目前，洁净概念在无菌灌装机安全生产方面有着非常重要的应用。包装系统内必须建立并产生一个无菌洁净环境，使已杀菌产品能在此区域内灌装到无菌的包装容器中，然后密封。

无菌灌装系统建立后必须能有效的保障，由正压的层流无菌空气维持灌装机的无菌状态。目前灌装机能使无菌系统连续生产20h。要有必要的安全措施，防止洁净度的破坏。食品卫生操作规范，HACCP的控制手段是洁净概念有效执行的基础。特别生产现场的卫生及洁净状态会影响无菌环境，影响产品的安全性。